PlantPromoterDB promoter information of AT4G19150.1

Summary of Gene (AT4G19150.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G19150 TAIR NCBI
Gene model	AT4G19150.1
Description	ankyrin repeat family protein; FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ankyrin repeat family protein (TAIR:AT3G09890.1); Has 67868 Blast hits to 22594 proteins in 807 species: Archae - 53; Bacteria - 4070; Metazoa - 36594; Fungi - 4728; Plants - 2294; Viruses - 864; Other Eukaryotes - 19265 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 10473677-10472478)

`Genome position from initiation codon` `AT4G19150.2 TSS from cDNA TSS information AT4G19150.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G19150.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 10472709 -32

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	10472709	-32

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 10472742 -65

TSS clone T clone - 10472741 -64

TSS clone G clone - 10472703 -26

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	10472742	-65
TSS clone	`T`	clone	-	10472741	-64
TSS clone	`G`	clone	-	10472703	-26

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGACCCG - 10472763 10472770 -86 -93

AtREG375 CCGACCCG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG ATTTGGGCTTAGTTTGGGCTTA - 10472795 10472816 -118 -139

AtREG421 ATTTGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA   TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634     GGGCTTAG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG474            GTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAACCGG - 10472850 10472857 -173 -180

AtREG548 ATAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGACCCG`		-	10472763	10472770	-86	-93
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`ATTTGGGCTTAGTTTGGGCTTA`		-	10472795	10472816	-118	-139
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAACCGG`		-	10472850	10472857	-173	-180
	AtREG548	`ATAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None