PlantPromoterDB promoter information of AT4G21810.1

Summary of Gene (AT4G21810.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G21810 TAIR NCBI
Gene model	AT4G21810.1
Description	DERLIN-2.1 (DER2.1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Der1-like (InterPro:IPR007599); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DER2.2 (DERLIN-2.2) (TAIR:AT4G04860.1); Has 644 Blast hits to 643 proteins in 163 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 293; Fungi - 119; Plants - 95; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 137 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 11578003-11576804)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G21810.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G21820.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G21810.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 11577124 -121

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	11577124	-121

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 11577195 -192

TSS clone A clone - 11577152 -149

TSS clone A clone - 11577151 -148

TSS clone A clone - 11577124 -121

TSS clone G clone - 11577123 -120

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	11577195	-192
TSS clone	`A`	clone	-	11577152	-149
TSS clone	`A`	clone	-	11577151	-148
TSS clone	`A`	clone	-	11577124	-121
TSS clone	`G`	clone	-	11577123	-120

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACACGCGCTT - 11577270 11577279 -267 -276

AtREG385 ACACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG492 ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AAACGCTG - 11577314 11577321 -311 -318

AtREG626 AAACGCTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAAACGCC - 11577355 11577362 -352 -359

AtREG650 AAAACGCC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CGTGACGT - 11577375 11577382 -372 -379

AtREG489 CGTGACGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACACGCGCTT`		-	11577270	11577279	-267	-276
	AtREG385	`ACACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AAACGCTG`		-	11577314	11577321	-311	-318
	AtREG626	`AAACGCTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAAACGCC`		-	11577355	11577362	-352	-359
	AtREG650	`AAAACGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CGTGACGT`		-	11577375	11577382	-372	-379
	AtREG489	`CGTGACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None