version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G21960.1

Summary of Gene (AT4G21960.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G21960  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G21960.1  
Description Encodes AT4g21960 (AT4g21960/T8O5_170).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 11655512-11654313)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G21960.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G21960.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA218-11648356-44

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-11648462-150
TSS cloneTclone-11648424-112
TSS cloneCclone-11648376-64
TSS cloneAclone-11648360-48
TSS cloneCclone-11648359-47
TSS cloneTclone-11648358-46
TSS cloneCclone-11648357-45
TSS cloneAclone-11648356-44
TSS cloneAclone-11648355-43
TSS cloneCclone-11648352-40
TSS cloneAclone-11648351-39
TSS cloneAclone-11648350-38
TSS cloneGclone-11648349-37

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCTTTAA-1164846211648469-150-157
 AtREG639GCCTTTAA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTGTCACGT-1164850811648515-196-203
 AtREG606TGTCACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAAGGCCCAATTAGCCCAAAACGACAC+1165544811655475AT4G21980.1, AT4G21980.2
 AtREG467TAAAGGCC                     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359 AAAGGCCC                    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA                   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT                 PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418     GCCCAATT                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG600      CCCAATTA               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG571           TTAGCCCA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469             AGCCCAAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529              GCCCAAAA       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG520                  AAAACGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569                   AAACGACA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527                    AACGACACDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.