version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G21980.2

Summary of Gene (AT4G21980.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G21980  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G21980.2  
Description Encodes APG8, a component of autophagy conjugation pathway. Delivered to the lumens of vacuole under nitrogen-starvation condition. Highest expression in flowers. mRNA abundance increased during dark-induced carbon starvation. Predominantly cytoplasmic with or without N starvation. Upon concanamycin A the protein accumulates in the central vacuole as punctuate structures that resemble autophagic bodies. This localization is more abundant upon N starvation.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 11654868-11656067)

Genome position     
from initiation codon
AT4G21980.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G21980.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G21980.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+11655580-288
TSS peakA4+11655673-195

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+11655671-197
TSS cloneAclone+11655731-137

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCT+1165566111655668-207-200
Y PatchCTTCTCTCTCTC+1165567811655689-190-179
Y PatchTTCTTCTTCTCC+1165569211655703-176-165
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAAGGCCCAATTAGCCCAAAACGACAC+1165544811655475-420-393
 AtREG467TAAAGGCC                     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359 AAAGGCCC                    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA                   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT                 PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418     GCCCAATT                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG600      CCCAATTA               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG571           TTAGCCCA          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469             AGCCCAAA        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529              GCCCAAAA       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG520                  AAAACGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569                   AAACGACA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527                    AACGACACDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.