PlantPromoterDB promoter information of AT4G22670.1

Summary of Gene (AT4G22670.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G22670 TAIR NCBI
Gene model	AT4G22670.1
Description	Arabidopsis thaliana Hsp70-interacting protein 1 (AtHip1); FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock chaperonin-binding (InterPro:IPR006636), Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide region (InterPro:IPR013026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATTDX (TETRATICOPEPTIDE DOMAIN-CONTAINING THIOREDOXIN); oxidoreductase, acting on sulfur group of donors, disulfide as acceptor / protein binding (TAIR:AT3G17880.2); Has 104992 Blast hits to 32574 proteins in 1569 species: Archae - 323; Bacteria - 31113; Metazoa - 46021; Fungi - 5704; Plants - 7149; Viruses - 884; Other Eukaryotes - 13798 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 11917236-11918435)

`Genome position from initiation codon` `AT4G22666.1 AT4G22666.2 TSS from cDNA TSS information AT4G22670.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G22670.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 11918141 -95

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	11918141	-95

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 11918080 -156

TSS clone T clone + 11918090 -146

TSS clone C clone + 11918130 -106

TSS clone A clone + 11918132 -104

TSS clone C clone + 11918163 -73

TSS clone C clone + 11918165 -71

TSS clone G clone + 11918167 -69

TSS clone T clone + 11918196 -40

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	11918080	-156
TSS clone	`T`	clone	+	11918090	-146
TSS clone	`C`	clone	+	11918130	-106
TSS clone	`A`	clone	+	11918132	-104
TSS clone	`C`	clone	+	11918163	-73
TSS clone	`C`	clone	+	11918165	-71
TSS clone	`G`	clone	+	11918167	-69
TSS clone	`T`	clone	+	11918196	-40

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCCTC + 11918181 11918189 -55 -47

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCCTC`	+	11918181	11918189	-55	-47
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATTGGGCCTTATTAACGGGCTTAT + 11917884 11917909 -352 -327

AtREG417 TTATTGGG                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425       GGCCTTAT             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG399               TAACGGGC     PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG462                   GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGCCCA + 11917911 11917918 -325 -318

AtREG445 GTGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

REG CCGGTTTG + 11917944 11917951 -292 -285

AtREG496 CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACCGG + 11918034 11918041 -202 -195

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATTGGGCCTTATTAACGGGCTTAT`		+	11917884	11917909	-352	-327
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG399	`TAACGGGC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGCCCA`		+	11917911	11917918	-325	-318
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
REG	`CCGGTTTG`		+	11917944	11917951	-292	-285
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAACCGG`		+	11918034	11918041	-202	-195
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None