PlantPromoterDB promoter information of AT4G22850.1

Summary of Gene (AT4G22850.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G22850 TAIR NCBI
Gene model	AT4G22850.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SNARE associated Golgi protein (InterPro:IPR015414); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G12000.1); Has 1331 Blast hits to 1328 proteins in 349 species: Archae - 4; Bacteria - 600; Metazoa - 103; Fungi - 64; Plants - 162; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 398 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 11993194-11994393)

`Genome position from initiation codon` `AT4G22850.2 TSS from cDNA TSS information AT4G22850.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G22840.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G22850.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 11994062 -132

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	11994062	-132

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 11994043 -151

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	11994043	-151

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTTTCTTTCCT + 11994044 11994059 -150 -135

Y Patch TTCTTCTT + 11994095 11994102 -99 -92

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTTTCTTTCCT`	+	11994044	11994059	-150	-135
Y Patch	`TTCTTCTT`	+	11994095	11994102	-99	-92
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGGACCC + 11993779 11993786 -415 -408

AtREG596 TGGGACCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AACCCGACCCGACCC + 11993816 11993830 -378 -364

AtREG580 AACCCGAC        PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405 ACCCGACCCGACC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442   CCCGACCCGACCC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375    CCGACCCG     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383     CGACCCGA    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390      GACCCGAC   PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG ATGGCCCA + 11993854 11993861 -340 -333

AtREG437 ATGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TGGGCTTTAA + 11993863 11993872 -331 -322

AtREG376 TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365 GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545   GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGGACCC`		+	11993779	11993786	-415	-408
	AtREG596	`TGGGACCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AACCCGACCCGACCC`		+	11993816	11993830	-378	-364
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`ATGGCCCA`		+	11993854	11993861	-340	-333
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TGGGCTTTAA`		+	11993863	11993872	-331	-322
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 11993770 AT4G22840.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	11993770	AT4G22840.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCCTCTTTCTTC - 11993751 11993767 AT4G22840.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCCTCTTTCTTC`	-	11993751	11993767	AT4G22840.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGGTCGGGTC - 11993821 11993830 AT4G22840.1

AtREG442 GGGTCGGG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405 GGTCGGGT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG390   GTCGGGTC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG TGGGCCAT - 11993854 11993861 AT4G22840.1

AtREG437 TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTAAAGCCCA - 11993863 11993872 AT4G22840.1

AtREG545 TTAAAGCC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY