version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G23270

Summary of Gene (AT4G23270)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G23270  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G23270  
Description protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein tyrosine kinase activity, protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase (InterPro:IPR002290), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Tyrosine protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein kinase, putative (TAIR:AT4G23280.1); Has 87345 Blast hits to 86129 proteins in 3201 species: Archae - 50; Bacteria - 7589; Metazoa - 38488; Fungi - 6788; Plants - 19267; Viruses - 379; Other Eukaryotes - 14784 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12166583-12167782)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G23270                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT4G23250.1         
AT4G23260.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G23270

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+12171098-35
TSS clone peakCclone+12171099-34

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTCT+1217113612171143310
Y PatchTCTCTTTC+12171146121711531320
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAACCGG+1217101912171026-114-107
 AtREG542AAAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-12167035AT4G23250.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTT-1216698612166994AT4G23250.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTATGGGCCATA-1216710012167111AT4G23250.1
 AtREG394TTATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG490  ATGGGCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG437   TGGGCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG479    GGGCCATA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTAAGGGTA-1216723412167241AT4G23250.1
 AtREG570TAAGGGTA PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGTTGACTTT-1216725312167260AT4G23250.1
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGGTTAGGCC-1216730612167313AT4G23250.1
 AtREG535GTTAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.