version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G23670

Summary of Gene (AT4G23670)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G23670  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G23670  
Description major latex protein-related / MLP-related; FUNCTIONS IN: copper ion binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress, defense response to bacterium; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bet v I allergen (InterPro:IPR000916); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: major latex protein-related / MLP-related (TAIR:AT4G23680.1); Has 228 Blast hits to 209 proteins in 35 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 228; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12328306-12327107)

Genome position     
from initiation codon
AT4G23650.1         
AT4G23660.1         
AT4G23660.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G23670                        5'->3' (-)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G23670

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA349-12333711-55

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-12333801-145
TSS cloneGclone-12333727-71
TSS cloneAclone-12333715-59
TSS cloneTclone-12333714-58
TSS cloneTclone-12333713-57
TSS cloneAclone-12333711-55
TSS cloneGclone-12333710-54
TSS cloneTclone-12333709-53
TSS cloneTclone-12333707-51
TSS cloneTclone-12333704-48
TSS cloneAclone-12333702-46
TSS cloneAclone-12333701-45

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTCCCTATATAAACC-1233373712333750-81-94
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAACCG-1233375712333764-101-108
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG82-12327450AT4G23650.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-12327459AT4G23650.1
TSS cloneGclone-12327450AT4G23650.1
TSS cloneAclone-12327449AT4G23650.1
TSS cloneTclone-12327439AT4G23650.1
TSS cloneAclone-12327432AT4G23650.1
TSS cloneGclone-12327425AT4G23650.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCTCTCTC-1232745112327462AT4G23650.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGCCACGTGGT-1232751312327524AT4G23650.1
 AtREG508ACGCCACG     PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG371 CGCCACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367  GCCACGTG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG544    CACGTGGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGACGCGGTTCAA-1232754312327553AT4G23650.1
 AtREG441ACGCGGTT   Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG640   CGGTTCAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.