version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G23670

Summary of Gene (AT4G23670)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G23670  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G23670  
Description major latex protein-related / MLP-related; FUNCTIONS IN: copper ion binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress, defense response to bacterium; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bet v I allergen (InterPro:IPR000916); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: major latex protein-related / MLP-related (TAIR:AT4G23680.1); Has 228 Blast hits to 209 proteins in 35 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 228; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12332506-12331307)

Genome position     
from initiation codon
AT4G23660.1         
AT4G23660.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G23670                        5'->3' (-)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G23670

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA349-12333711-55

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-12333801-145
TSS cloneGclone-12333727-71
TSS cloneAclone-12333715-59
TSS cloneTclone-12333714-58
TSS cloneTclone-12333713-57
TSS cloneAclone-12333711-55
TSS cloneGclone-12333710-54
TSS cloneTclone-12333709-53
TSS cloneTclone-12333707-51
TSS cloneTclone-12333704-48
TSS cloneAclone-12333702-46
TSS cloneAclone-12333701-45

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTCCCTATATAAACC-1233373712333750-81-94
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAACCG-1233375712333764-101-108
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-12331679AT4G23660.1, AT4G23660.2
TSS clone peakGclone-12331657AT4G23660.1, AT4G23660.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTTCTC-1233166112331669AT4G23660.1, AT4G23660.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTCGGCCCAAAT-1233174112331752AT4G23660.1, AT4G23660.2
 AtREG427TTCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG393 TCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414  CGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373   GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG421    GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCCAATTG-1233175412331761AT4G23660.1, AT4G23660.2
 AtREG647CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGGGTCCC-1233193312331940AT4G23660.1, AT4G23660.2
 AtREG615TGGGTCCCABA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.