PlantPromoterDB promoter information of AT4G23710.1

Summary of Gene (AT4G23710.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G23710 TAIR NCBI
Gene model	AT4G23710.1
Description	VAG2; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on acid anhydrides, catalyzing transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: proton transport; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vacuolar (H+)-ATPase G subunit (InterPro:IPR005124); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VMA10 (VACUOLAR MEMBRANE ATPASE 10); hydrogen ion transporting ATP synthase, rotational mechanism (TAIR:AT3G01390.2); Has 470 Blast hits to 470 proteins in 138 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 268; Fungi - 80; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 45 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12349577-12350776)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G23710.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G23710.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 12350129 -448

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	12350129	-448

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 12350089 -488

TSS clone G clone + 12350119 -458

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	12350089	-488
TSS clone	`G`	clone	+	12350119	-458

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCT + 12350131 12350138 -446 -439

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCT`	+	12350131	12350138	-446	-439
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCCTGA + 12350004 12350016 -573 -561

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATAATGGG + 12350029 12350036 -548 -541

AtREG546 ATAATGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTAGGCCCATAA + 12350041 12350053 -536 -524

AtREG506 ATTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364     GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394      GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCCTGA`		+	12350004	12350016	-573	-561
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATAATGGG`		+	12350029	12350036	-548	-541
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTAGGCCCATAA`		+	12350041	12350053	-536	-524
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None