PlantPromoterDB promoter information of AT4G23800.1

Summary of Gene (AT4G23800.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G23800 TAIR NCBI
Gene model	AT4G23800.1
Description	high mobility group (HMG1/2) family protein; FUNCTIONS IN: transcription factor activity; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), High mobility group, HMG1/HMG2 (InterPro:IPR000910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: high mobility group (HMG1/2) family protein (TAIR:AT4G11080.1); Has 62445 Blast hits to 32833 proteins in 1549 species: Archae - 256; Bacteria - 4440; Metazoa - 33253; Fungi - 3596; Plants - 1795; Viruses - 218; Other Eukaryotes - 18887 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12389228-12390427)

`Genome position from initiation codon` `AT4G23790.1 TSS from cDNA TSS information AT4G23800.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G23800.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 12390167 -61

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	12390167	-61

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 12390167 -61

TSS clone C clone + 12390168 -60

TSS clone A clone + 12390171 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	12390167	-61
TSS clone	`C`	clone	+	12390168	-60
TSS clone	`A`	clone	+	12390171	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTCTATATAAC + 12390130 12390141 -98 -87

Y Patch CTCTCTCTCAT + 12390203 12390213 -25 -15

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTCTATATAAC`	+	12390130	12390141	-98	-87
Y Patch	`CTCTCTCTCAT`	+	12390203	12390213	-25	-15
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCCGGTT + 12389908 12389915 -320 -313

AtREG573 GTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCGGTTTAG + 12389920 12389928 -308 -300

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GACCGTTG + 12390116 12390123 -112 -105

AtREG553 GACCGTTG Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCCGGTT`		+	12389908	12389915	-320	-313
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCGGTTTAG`		+	12389920	12389928	-308	-300
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GACCGTTG`		+	12390116	12390123	-112	-105
	AtREG553	`GACCGTTG`	Auxin	PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None