version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G23810

Summary of Gene (AT4G23810)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G23810  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G23810  
Description member of WRKY Transcription Factor; Group III  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12391089-12389890)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G23810                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT4G23800.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G23810

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA17-12393985-246

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-12393981-242

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTTTATATACC-1239401112394022-272-283
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCACCCCAC-1239416812394175-429-436
 AtREG618CACCCCAC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+12390167AT4G23800.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+12390167AT4G23800.1
TSS cloneCclone+12390168AT4G23800.1
TSS cloneAclone+12390171AT4G23800.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTCTATATAAC+1239013012390141AT4G23800.1
Y PatchCTCTCTCTCAT+1239020312390213AT4G23800.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCCGGTT+1238990812389915AT4G23800.1
 AtREG573GTCCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTCGGTTTAG+1238992012389928AT4G23800.1
 AtREG514TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511 CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGACCGTTG+1239011612390123AT4G23800.1
 AtREG553GACCGTTGAuxin PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.