PlantPromoterDB promoter information of AT4G24440.2

Summary of Gene (AT4G24440.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G24440 TAIR NCBI
Gene model	AT4G24440.2
Description	transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma (TFIIA-S); FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription factor activity; INVOLVED IN: transcription initiation from RNA polymerase II promoter; LOCATED IN: transcription factor TFIIA complex; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription initiation factor IIA, gamma subunit (InterPro:IPR003194), Transcription factor IIA, beta-barrel (InterPro:IPR009088), Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal (InterPro:IPR015872), Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal (InterPro:IPR015871), Transcription factor IIA, helical (InterPro:IPR009083); Has 411 Blast hits to 411 proteins in 131 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 156; Fungi - 93; Plants - 150; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12632460-12633659)

`Genome position from initiation codon` `AT4G24430.1 AT4G24440.1 TSS from cDNA TSS information AT4G24440.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G24440.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 12633183 -277

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	12633183	-277

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 12633180 -280

TSS clone T clone + 12633181 -279

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	12633180	-280
TSS clone	`T`	clone	+	12633181	-279

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGCCTATATATACA + 12633145 12633158 -315 -302

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGCCTATATATACA`	+	12633145	12633158	-315	-302
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCTTTAA + 12632907 12632914 -553 -546

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TATATGGGCCTTGTGTTGGGCCTT + 12633046 12633069 -414 -391

AtREG620 TATATGGG                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT    TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG398      GGGCCTTG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG543              TGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG449               GTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                TTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTGACTTT + 12633086 12633093 -374 -367

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCTTTAA`		+	12632907	12632914	-553	-546
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TATATGGGCCTTGTGTTGGGCCTT`		+	12633046	12633069	-414	-391
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG398	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTGACTTT`		+	12633086	12633093	-374	-367
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None