PlantPromoterDB promoter information of AT4G24500.1

Summary of Gene (AT4G24500.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G24500 TAIR NCBI
Gene model	AT4G24500.1
Description	hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; Has 285 Blast hits to 283 proteins in 80 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 159; Fungi - 48; Plants - 40; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12657732-12658931)

`Genome position from initiation codon` `AT4G24500.2 TSS from cDNA TSS information AT4G24500.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G24490.1 AT4G24490.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G24500.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 12658493 -239

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	12658493	-239

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 12658494 -238

TSS clone A clone + 12658498 -234

TSS clone A clone + 12658505 -227

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	12658494	-238
TSS clone	`A`	clone	+	12658498	-234
TSS clone	`A`	clone	+	12658505	-227

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCCGGTTTAA + 12658364 12658380 -368 -352

AtREG396 TTAATGGG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457     TGGGCCGG      CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG412         CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473          CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTAAACCGGGTT + 12658402 12658413 -330 -319

AtREG519 GTAAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG455    AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516     ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCCGGTTTT + 12658439 12658449 -293 -283

AtREG516 AACCCGGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542    CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCCGGTTTAA`		+	12658364	12658380	-368	-352
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG457	`TGGGCCGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTAAACCGGGTT`		+	12658402	12658413	-330	-319
	AtREG519	`GTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCCGGTTTT`		+	12658439	12658449	-293	-283
	AtREG516	`AACCCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 - 12658336 AT4G24490.1, AT4G24490.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	-	12658336	AT4G24490.1, AT4G24490.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 12658334 AT4G24490.1, AT4G24490.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	12658334	AT4G24490.1, AT4G24490.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTCTCTC - 12658302 12658313 AT4G24490.1, AT4G24490.2

Y Patch CCTTCTCTC - 12658341 12658349 AT4G24490.1, AT4G24490.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTCTCTC`	-	12658302	12658313	AT4G24490.1, AT4G24490.2
Y Patch	`CCTTCTCTC`	-	12658341	12658349	AT4G24490.1, AT4G24490.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACCCGGTTTAC - 12658402 12658413 AT4G24490.1, AT4G24490.2

AtREG516 AACCCGGT     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412    CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG519     CGGTTTAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACCGGGTT - 12658439 12658449 AT4G24490.1, AT4G24490.2

AtREG542 AAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG455   AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516    ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif