PlantPromoterDB promoter information of AT4G24570

Summary of Gene (AT4G24570)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G24570 TAIR NCBI
Gene model	AT4G24570
Description	mitochondrial substrate carrier family protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: transport, mitochondrial transport; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitochondrial carrier protein (InterPro:IPR002067), Mitochondrial substrate carrier (InterPro:IPR001993), Mitochondrial substrate/solute carrier (InterPro:IPR018108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UCP5 (UNCOUPLING PROTEIN 5); binding (TAIR:AT2G22500.1); Has 15369 Blast hits to 9513 proteins in 356 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7655; Fungi - 4171; Plants - 2183; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1360 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12685546-12686745)

`Genome position from initiation codon` `AT4G24565 AT4G24565.1 AT4G24570.1 TSS from cDNA TSS information AT4G24570 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G24565.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G24570

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 55 + 12686496 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	55	+	12686496	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 12686496 -50

TSS clone C clone + 12686497 -49

TSS clone C clone + 12686499 -47

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	12686496	-50
TSS clone	`C`	clone	+	12686497	-49
TSS clone	`C`	clone	+	12686499	-47

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCCTCTTCTTCTCCTTC + 12686477 12686495 -69 -51

Y Patch TTCTCTCTTCTCTCTCC + 12686517 12686533 -29 -13

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCCTCTTCTTCTCCTTC`	+	12686477	12686495	-69	-51
Y Patch	`TTCTCTCTTCTCTCTCC`	+	12686517	12686533	-29	-13
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAAGCCCAATTA + 12686246 12686259 -300 -287

AtREG589 AAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418      GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600       CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAGCCCATAA + 12686273 12686284 -273 -262

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477    AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAATGGGCT + 12686291 12686299 -255 -247

AtREG551 CAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ACACGCGTTTT + 12686317 12686327 -229 -219

AtREG536 ACACGCGT    ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

AtREG633   ACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG566    CGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ATAACCGG + 12686348 12686355 -198 -191

AtREG548 ATAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AACCGCGT + 12686433 12686440 -113 -106

AtREG441 AACCGCGT Drought PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAAGCCCAATTA`		+	12686246	12686259	-300	-287
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAGCCCATAA`		+	12686273	12686284	-273	-262
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAATGGGCT`		+	12686291	12686299	-255	-247
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ACACGCGTTTT`		+	12686317	12686327	-229	-219
	AtREG536	`ACACGCGT`	ABA, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif	`ACACNNG`
	AtREG633	`ACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG566	`CGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ATAACCGG`		+	12686348	12686355	-198	-191
	AtREG548	`ATAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AACCGCGT`		+	12686433	12686440	-113	-106
	AtREG441	`AACCGCGT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None