PlantPromoterDB promoter information of AT4G24780

Summary of Gene (AT4G24780)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G24780 TAIR NCBI
Gene model	AT4G24780
Description	pectate lyase family protein; FUNCTIONS IN: lyase activity, pectate lyase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectate lyase family protein (TAIR:AT5G63180.1); Has 863 Blast hits to 860 proteins in 162 species: Archae - 0; Bacteria - 350; Metazoa - 0; Fungi - 105; Plants - 397; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12773227-12772028)

`Genome position from initiation codon` `AT4G24780.1 TSS from cDNA TSS information AT4G24780 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G24780

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 34 - 12772333 -106

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	34	-	12772333	-106

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 12772333 -106

TSS clone T clone - 12772332 -105

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	12772333	-106
TSS clone	`T`	clone	-	12772332	-105

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATATAAACC - 12772356 12772369 -129 -142

Y Patch CTTCCCTCTTCT - 12772284 12772295 -57 -68

Y Patch CTTCCTTC - 12772297 12772304 -70 -77

Y Patch CCTCTTCTCT - 12772336 12772345 -109 -118

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATATAAACC`	-	12772356	12772369	-129	-142
Y Patch	`CTTCCCTCTTCT`	-	12772284	12772295	-57	-68
Y Patch	`CTTCCTTC`	-	12772297	12772304	-70	-77
Y Patch	`CCTCTTCTCT`	-	12772336	12772345	-109	-118
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGACC - 12772416 12772423 -189 -196

AtREG406 GTGGGACC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GGCTTTTT - 12772548 12772555 -321 -328

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATTGGGCTAA - 12772612 12772623 -385 -396

AtREG509 ATATTGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571     TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGACC`		-	12772416	12772423	-189	-196
	AtREG406	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTT`		-	12772548	12772555	-321	-328
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATATTGGGCTAA`		-	12772612	12772623	-385	-396
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None