PlantPromoterDB promoter information of AT4G25740.1

Summary of Gene (AT4G25740.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G25740 TAIR NCBI
Gene model	AT4G25740.1
Description	40S ribosomal protein S10 (RPS10A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plectin/S10, N-terminal (InterPro:IPR005326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 40S ribosomal protein S10 (RPS10C) (TAIR:AT5G52650.1); Has 1958 Blast hits to 1535 proteins in 282 species: Archae - 0; Bacteria - 275; Metazoa - 679; Fungi - 156; Plants - 119; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 728 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 13109751-13108552)

`Genome position from initiation codon` `AT4G25740.2 TSS from cDNA TSS information AT4G25740.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G25740.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 15 - 13108814 -63

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	15	-	13108814	-63

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 13108813 -62

TSS clone T clone - 13108812 -61

TSS clone T clone - 13108810 -59

TSS clone G clone - 13108798 -47

TSS clone C clone - 13108797 -46

TSS clone G clone - 13108787 -36

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	13108813	-62
TSS clone	`T`	clone	-	13108812	-61
TSS clone	`T`	clone	-	13108810	-59
TSS clone	`G`	clone	-	13108798	-47
TSS clone	`C`	clone	-	13108797	-46
TSS clone	`G`	clone	-	13108787	-36

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATAAT - 13108841 13108850 -90 -99

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATAAT`	-	13108841	13108850	-90	-99
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAGCCCAATAAAAGCCCAAAT - 13108855 13108876 -104 -125

AtREG609 TCAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549          TAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409           AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376            AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407             AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469              AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421               GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAGGCC - 13108905 13108912 -154 -161

AtREG467 TAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAACCGGAC - 13108917 13108925 -166 -174

AtREG621 TAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG573 AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GAACCGGTTAA - 13108931 13108941 -180 -190

AtREG528 GAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503   ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501    CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAGCCCAATAAAAGCCCAAAT`		-	13108855	13108876	-104	-125
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAAGGCC`		-	13108905	13108912	-154	-161
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAACCGGAC`		-	13108917	13108925	-166	-174
	AtREG621	`TAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GAACCGGTTAA`		-	13108931	13108941	-180	-190
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None