PlantPromoterDB promoter information of AT4G26530

Summary of Gene (AT4G26530)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G26530 TAIR NCBI
Gene model	AT4G26530
Description	fructose-bisphosphate aldolase, putative; FUNCTIONS IN: fructose-bisphosphate aldolase activity; INVOLVED IN: glycolysis, metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Fructose-bisphosphate aldolase, class-I (InterPro:IPR000741); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fructose-bisphosphate aldolase, cytoplasmic (TAIR:AT4G26520.1); Has 4438 Blast hits to 4433 proteins in 746 species: Archae - 0; Bacteria - 439; Metazoa - 1258; Fungi - 2; Plants - 339; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2400 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 13390566-13391765)

`Genome position from initiation codon` `AT4G26530.1 AT4G26530.2 TSS from cDNA TSS information AT4G26530 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G26530

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 13391529 -37

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	13391529	-37

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 13391293 -273

TSS clone T clone + 13391344 -222

TSS clone T clone + 13391504 -62

TSS clone G clone + 13391506 -60

TSS clone T clone + 13391507 -59

TSS clone C clone + 13391508 -58

TSS clone T clone + 13391509 -57

TSS clone G clone + 13391530 -36

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	13391293	-273
TSS clone	`T`	clone	+	13391344	-222
TSS clone	`T`	clone	+	13391504	-62
TSS clone	`G`	clone	+	13391506	-60
TSS clone	`T`	clone	+	13391507	-59
TSS clone	`C`	clone	+	13391508	-58
TSS clone	`T`	clone	+	13391509	-57
TSS clone	`G`	clone	+	13391530	-36

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCTT + 13391538 13391547 -28 -19

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCTT`	+	13391538	13391547	-28	-19
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGACACGTA + 13391423 13391431 -143 -135

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557 GACACGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGACACGTA`		+	13391423	13391431	-143	-135
	AtREG389	`TGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG557	`GACACGTA`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None