PlantPromoterDB promoter information of AT4G27090.1

Summary of Gene (AT4G27090.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G27090 TAIR NCBI
Gene model	AT4G27090.1
Description	60S ribosomal protein L14 (RPL14B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L14 (InterPro:IPR002784); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L14 (RPL14A) (TAIR:AT2G20450.1); Has 520 Blast hits to 520 proteins in 229 species: Archae - 47; Bacteria - 0; Metazoa - 210; Fungi - 93; Plants - 65; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 105 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 13596187-13594988)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G27090.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G27100.1 AT4G27100.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G27090.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 89 - 13595247 -60

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	89	-	13595247	-60

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 13595251 -64

TSS clone T clone - 13595250 -63

TSS clone T clone - 13595248 -61

TSS clone C clone - 13595246 -59

TSS clone T clone - 13595245 -58

TSS clone T clone - 13595243 -56

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	13595251	-64
TSS clone	`T`	clone	-	13595250	-63
TSS clone	`T`	clone	-	13595248	-61
TSS clone	`C`	clone	-	13595246	-59
TSS clone	`T`	clone	-	13595245	-58
TSS clone	`T`	clone	-	13595243	-56

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATATAGT - 13595274 13595285 -87 -98

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATATAGT`	-	13595274	13595285	-87	-98
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCTAGA - 13595292 13595299 -105 -112

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATAGGCCCAAAC - 13595306 13595317 -119 -130

AtREG362 ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG474     GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGTTGGGCCTTTG - 13595337 13595349 -150 -162

AtREG543 TGTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG449 GTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG656      GGCCTTTG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATTGGGC - 13595356 13595364 -169 -177

AtREG509 ATATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACGACGCCGTTTT - 13595376 13595391 -189 -204

AtREG520 AAAACGAC         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439   AACGACGC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537    ACGACGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG540      GACGCCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG497       ACGCCGTT   PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

AtREG524        CGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531         GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCTAGA`		-	13595292	13595299	-105	-112
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ATAGGCCCAAAC`		-	13595306	13595317	-119	-130
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGTTGGGCCTTTG`		-	13595337	13595349	-150	-162
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG656	`GGCCTTTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATATTGGGC`		-	13595356	13595364	-169	-177
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACGACGCCGTTTT`		-	13595376	13595391	-189	-204
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG439	`AACGACGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`ACGACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG540	`GACGCCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG497	`ACGCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG524	`CGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG531	`GCCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None