PlantPromoterDB promoter information of AT4G27520

Summary of Gene (AT4G27520)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G27520 TAIR NCBI
Gene model	AT4G27520
Description	plastocyanin-like domain-containing protein; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, copper ion binding; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plastocyanin-like (InterPro:IPR003245), Cupredoxin (InterPro:IPR008972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plastocyanin-like domain-containing protein (TAIR:AT5G53870.1); Has 143503 Blast hits to 63556 proteins in 1855 species: Archae - 183; Bacteria - 22350; Metazoa - 60212; Fungi - 22770; Plants - 10839; Viruses - 3626; Other Eukaryotes - 23523 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 13752819-13751620)

`Genome position from initiation codon` `AT4G27520.1 TSS from cDNA TSS information AT4G27520 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G27530.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G27520

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 49 - 13751835 -16

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	49	-	13751835	-16

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 13751854 -35

TSS clone T clone - 13751853 -34

TSS clone T clone - 13751837 -18

TSS clone A clone - 13751833 -14

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	13751854	-35
TSS clone	`T`	clone	-	13751853	-34
TSS clone	`T`	clone	-	13751837	-18
TSS clone	`A`	clone	-	13751833	-14

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTCTATATAAACA - 13751861 13751874 -42 -55

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTCTATATAAACA`	-	13751861	13751874	-42	-55
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAGCCCATTAT - 13751885 13751896 -66 -77

AtREG571 TTAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546     CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGAC - 13751936 13751943 -117 -124

AtREG520 AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAGCCCATTAT`		-	13751885	13751896	-66	-77
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAACGAC`		-	13751936	13751943	-117	-124
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 13752633 AT4G27530.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	13752633	AT4G27530.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATATGGGCTGGGCTTAT + 13752383 13752399 AT4G27530.1

AtREG432 ATATGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG454      GGCTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426         TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462          GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGACACGTGA + 13752511 13752520 AT4G27530.1

AtREG472 GGACACGT   ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366 GACACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG628   ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG AGCCACGTGTT + 13752535 13752545 AT4G27530.1

AtREG450 AGCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367 GCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382   CCACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG590    CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG