PlantPromoterDB promoter information of AT4G28470.1

Summary of Gene (AT4G28470.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G28470 TAIR NCBI
Gene model	AT4G28470.1
Description	encoding the RPN subunits of the 26S proteasome

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14073357-14072158)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G28470.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G28480.1 AT4G28480.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G28470.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 14072471 -114

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	14072471	-114

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 14072543 -186

TSS clone G clone - 14072470 -113

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	14072543	-186
TSS clone	`G`	clone	-	14072470	-113

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTCT - 14072495 14072503 -138 -146

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTCT`	-	14072495	14072503	-138	-146
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGGGGTAA - 14072594 14072601 -237 -244

AtREG642 AGGGGTAA PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

REG TTATGGGCTGAGCCCA - 14072620 14072635 -263 -278

AtREG394 TTATGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609    TGGGCTGA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485         TGAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TATGGCCCAATGAATAGCCCAATT - 14072638 14072661 -281 -304

AtREG479 TATGGCCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437 ATGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TGGCCCAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461     GCCCAATG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG584             AATAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402                AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418                 GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCAAAT - 14072744 14072751 -387 -394

AtREG421 GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGGGGTAA`		-	14072594	14072601	-237	-244
	AtREG642	`AGGGGTAA`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
REG	`TTATGGGCTGAGCCCA`		-	14072620	14072635	-263	-278
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TATGGCCCAATGAATAGCCCAATT`		-	14072638	14072661	-281	-304
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCAAAT`		-	14072744	14072751	-387	-394
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 14073207 AT4G28480.1, AT4G28480.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	14073207	AT4G28480.1, AT4G28480.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 14073042 AT4G28480.1, AT4G28480.2

TSS clone A clone + 14073076 AT4G28480.1, AT4G28480.2

TSS clone G clone + 14073077 AT4G28480.1, AT4G28480.2

TSS clone A clone + 14073088 AT4G28480.1, AT4G28480.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	14073042	AT4G28480.1, AT4G28480.2
TSS clone	`A`	clone	+	14073076	AT4G28480.1, AT4G28480.2
TSS clone	`G`	clone	+	14073077	AT4G28480.1, AT4G28480.2
TSS clone	`A`	clone	+	14073088	AT4G28480.1, AT4G28480.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAATGGG + 14073014 14073021 AT4G28480.1, AT4G28480.2

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif