PlantPromoterDB promoter information of AT4G28520

Summary of Gene (AT4G28520)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G28520 TAIR NCBI
Gene model	AT4G28520
Description	Encodes a 12S seed storage protein that is tyrosine-phosphorylated and its phosphorylation state is modulated in response to ABA in Arabidopsis thaliana seeds.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14086596-14087795)

`Genome position from initiation codon` `AT4G28520.1 AT4G28520.2 AT4G28520.3 AT4G28520.4 TSS from cDNA TSS information AT4G28520 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G28510.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G28520

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 14087567 -29

TSS clone T clone + 14087568 -28

TSS clone C clone + 14087569 -27

TSS clone C clone + 14087570 -26

TSS clone A clone + 14087571 -25

TSS clone peak T clone + 14087572 -24

TSS clone peak T clone + 14087574 -22

TSS clone A clone + 14087578 -18

TSS clone C clone + 14087579 -17

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	14087567	-29
TSS clone	`T`	clone	+	14087568	-28
TSS clone	`C`	clone	+	14087569	-27
TSS clone	`C`	clone	+	14087570	-26
TSS clone	`A`	clone	+	14087571	-25
TSS clone peak	`T`	clone	+	14087572	-24
TSS clone peak	`T`	clone	+	14087574	-22
TSS clone	`A`	clone	+	14087578	-18
TSS clone	`C`	clone	+	14087579	-17

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATATAAACT + 14087534 14087544 -62 -52

Y Patch CTCCTCCT + 14087543 14087550 -53 -46

Y Patch TTCTCTTC + 14087559 14087566 -37 -30

Y Patch CATCTCTC + 14087570 14087577 -26 -19

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATATAAACT`	+	14087534	14087544	-62	-52
Y Patch	`CTCCTCCT`	+	14087543	14087550	-53	-46
Y Patch	`TTCTCTTC`	+	14087559	14087566	-37	-30
Y Patch	`CATCTCTC`	+	14087570	14087577	-26	-19
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGACGTGT + 14087456 14087464 -140 -132

AtREG466 GTGACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517 TGACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CTACGTGGCT + 14087502 14087511 -94 -85

AtREG495 CTACGTGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413 TACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG450 ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGACGTGT`		+	14087456	14087464	-140	-132
	AtREG466	`GTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`TGACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CTACGTGGCT`		+	14087502	14087511	-94	-85
	AtREG495	`CTACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 14086868 AT4G28510.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	14086868	AT4G28510.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 14086812 AT4G28510.1

TSS clone T clone - 14086791 AT4G28510.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	14086812	AT4G28510.1
TSS clone	`T`	clone	-	14086791	AT4G28510.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGCCCATCA - 14086915 14086925 AT4G28510.1

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635    GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAAGCCCAATAA - 14086945 14086957 AT4G28510.1

AtREG634 CTAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417      CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGGCTTAT - 14086963 14086972 AT4G28510.1

AtREG378 ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426 TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462   GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTCGGTT - 14087019 14087026 AT4G28510.1

AtREG556 GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif