PlantPromoterDB promoter information of AT4G29120.1

Summary of Gene (AT4G29120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G29120 TAIR NCBI
Gene model	AT4G29120.1
Description	6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding domain-containing protein; FUNCTIONS IN: coenzyme binding, oxidoreductase activity, phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: pentose-phosphate shunt, metabolic process; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006115), 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like (InterPro:IPR008927), Dehydrogenase, multihelical (InterPro:IPR013328), 3-hydroxyacid dehydrogenase/reductase (InterPro:IPR015815), NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding domain-containing protein (TAIR:AT1G71180.1); Has 12459 Blast hits to 12442 proteins in 1308 species: Archae - 93; Bacteria - 6200; Metazoa - 393; Fungi - 342; Plants - 184; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 5245 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14349861-14351060)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G29120.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G29120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 23 + 14350860 -1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	23	+	14350860	-1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 14350858 -3

TSS clone A clone + 14350860 -1

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	14350858	-3
TSS clone	`A`	clone	+	14350860	-1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTCC + 14350867 14350876 6 15

Y Patch TTCCCTCTCCCTCC + 14350883 14350896 22 35

Y Patch TCTCCTCC + 14350901 14350908 40 47

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTCC`	+	14350867	14350876	6	15
Y Patch	`TTCCCTCTCCCTCC`	+	14350883	14350896	22	35
Y Patch	`TCTCCTCC`	+	14350901	14350908	40	47
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCATTG + 14350649 14350656 -212 -205

AtREG551 GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTAACCGAACCA + 14350705 14350717 -156 -144

AtREG645 TTTAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG556    AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655      CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCCGACGTCGTT + 14350744 14350757 -117 -104

AtREG580 AACCCGAC       PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG431      GACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG493       ACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCATTG`		+	14350649	14350656	-212	-205
	AtREG551	`GCCCATTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTAACCGAACCA`		+	14350705	14350717	-156	-144
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCCGACGTCGTT`		+	14350744	14350757	-117	-104
	AtREG580	`AACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG431	`GACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG493	`ACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None