PlantPromoterDB promoter information of AT4G29330.1

Summary of Gene (AT4G29330.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G29330 TAIR NCBI
Gene model	AT4G29330.1
Description	DERLIN-1 (DER1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Der1-like (InterPro:IPR007599); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DER2.2 (DERLIN-2.2) (TAIR:AT4G04860.1); Has 666 Blast hits to 665 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 290; Fungi - 127; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 153 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14443937-14445136)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G29330.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G29330.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 14444820 -117

TSS clone peak A clone + 14444822 -115

TSS clone G clone + 14444846 -91

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	14444820	-117
TSS clone peak	`A`	clone	+	14444822	-115
TSS clone	`G`	clone	+	14444846	-91

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGTCAAATAAAAGCC + 14444566 14444586 -371 -351

AtREG396 TTAATGGG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG592      GGGTCAAA         PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

AtREG549              TAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTGGCCCAATT + 14444590 14444600 -347 -337

AtREG484 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418    GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGCCACGTA + 14444714 14444723 -223 -214

AtREG444 GTGCCACG   PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG CGACGTGGCAA + 14444744 14444754 -193 -183

AtREG465 CGACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG388 GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG452    CGTGGCAA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGTCAAATAAAAGCC`		+	14444566	14444586	-371	-351
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTGGCCCAATT`		+	14444590	14444600	-347	-337
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGCCACGTA`		+	14444714	14444723	-223	-214
	AtREG444	`GTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG413	`GCCACGTA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`CGACGTGGCAA`		+	14444744	14444754	-193	-183
	AtREG465	`CGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG452	`CGTGGCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None