PlantPromoterDB promoter information of AT4G29430.1

Summary of Gene (AT4G29430.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G29430 TAIR NCBI
Gene model	AT4G29430.1
Description	ribosomal protein S15A E (rps15ae); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, mitochondrion, cytosolic ribosome, vacuole; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S8 (InterPro:IPR000630); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: rps15ab (ribosomal protein S15A B); structural constituent of ribosome (TAIR:AT2G19720.1); Has 2257 Blast hits to 2257 proteins in 736 species: Archae - 184; Bacteria - 865; Metazoa - 322; Fungi - 130; Plants - 184; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 572 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14471440-14472639)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G29430.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G29420.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G29430.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 14472411 -29

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	14472411	-29

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 14472407 -33

TSS clone A clone + 14472411 -29

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	14472407	-33
TSS clone	`A`	clone	+	14472411	-29

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCACGTGTT + 14472296 14472305 -144 -135

AtREG541 CGCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG590 CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG TAAACGAC + 14472313 14472320 -127 -120

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

REG TACCCTTA + 14472326 14472333 -114 -107

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ACGTGTCAT + 14472354 14472362 -86 -78

AtREG389 ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG438 CGTGTCAT ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCACGTGTT`		+	14472296	14472305	-144	-135
	AtREG541	`CGCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG590	`CACGTGTT`	ABA, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
REG	`TAAACGAC`		+	14472313	14472320	-127	-120
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TACCCTTA`		+	14472326	14472333	-114	-107
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ACGTGTCAT`		+	14472354	14472362	-86	-78
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG438	`CGTGTCAT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak C clone - 14472232 AT4G29420.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	14472232	AT4G29420.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTCTATAA - 14472261 14472269 AT4G29420.1

Y Patch CTCCTTCTCTCCTTCGTCTTCTTCCT - 14472235 14472260 AT4G29420.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTCTATAA`	-	14472261	14472269	AT4G29420.1
Y Patch	`CTCCTTCTCTCCTTCGTCTTCTTCCT`	-	14472235	14472260	AT4G29420.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACACGTGCG - 14472296 14472305 AT4G29420.1

AtREG590 AACACGTG ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG541 CACGTGCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG GTCGTTTA - 14472313 14472320 AT4G29420.1

AtREG565 GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGGGTA - 14472326 14472333 AT4G29420.1

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ATGACACGT - 14472354 14472362 AT4G29420.1

AtREG438 ATGACACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC