PlantPromoterDB promoter information of AT4G29810.2

Summary of Gene (AT4G29810.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G29810 TAIR NCBI
Gene model	AT4G29810.2
Description	encodes a MAP kinase kinase 2 that regulates MPK6 and MPK4 in response to cold and salt stresses. Co-expression with MEKK1 in protoplasts activated MKK2 activity, suggesting that MEKK1 may be a regulator of MKK2.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14596241-14595042)

`Genome position from initiation codon` `AT4G29810.1 AT4G29810.3 AT4G29820.1 TSS from cDNA TSS information AT4G29810.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G29810.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 14595268 -27

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	14595268	-27

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 14595267 -26

TSS clone A clone - 14595263 -22

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	14595267	-26
TSS clone	`A`	clone	-	14595263	-22

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATATAATG - 14595292 14595302 -51 -61

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATATAATG`	-	14595292	14595302	-51	-61
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAATGGG - 14595433 14595440 -192 -199

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACCGG - 14595454 14595461 -213 -220

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAACCGGTTTGTTTCCGGTTAAA - 14595489 14595512 -248 -271

AtREG503 TAACCGGT                PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG436    ACCGGTTT              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496     CCGGTTTG             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644             TTTCCGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534              TTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621               TCCGGTTA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG       CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG645                 CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAATGGG`		-	14595433	14595440	-192	-199
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACCGG`		-	14595454	14595461	-213	-220
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTAACCGGTTTGTTTCCGGTTAAA`		-	14595489	14595512	-248	-271
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`TTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`TTAACCGG CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None