PlantPromoterDB promoter information of AT4G29820.1

Summary of Gene (AT4G29820.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G29820 TAIR NCBI
Gene model	AT4G29820.1
Description	Encodes a homolog of the protein CFI-25, a polyadenylation factor subunit.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14598317-14597118)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G29820.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G29830.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G29820.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 10 - 14597481 -164

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	10	-	14597481	-164

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 14597479 -162

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	14597479	-162

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCCTC - 14597507 14597517 -190 -200

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCCTC`	-	14597507	14597517	-190	-200
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACAGGCCCATTA - 14597521 14597532 -204 -215

AtREG433 ACAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAAGGCCCATTAA - 14597540 14597553 -223 -236

AtREG467 TAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG GCGTCGTTTT - 14597608 14597617 -291 -300

AtREG439 GCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520   GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACAGGCCCATTA`		-	14597521	14597532	-204	-215
	AtREG433	`ACAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAAGGCCCATTAA`		-	14597540	14597553	-223	-236
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`GCGTCGTTTT`		-	14597608	14597617	-291	-300
	AtREG439	`GCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 17 + 14597694 AT4G29830.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	17	+	14597694	AT4G29830.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 14597657 AT4G29830.1

TSS clone C clone + 14597681 AT4G29830.1

TSS clone A clone + 14597699 AT4G29830.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	14597657	AT4G29830.1
TSS clone	`C`	clone	+	14597681	AT4G29830.1
TSS clone	`A`	clone	+	14597699	AT4G29830.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTT + 14597681 14597689 AT4G29830.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTT`	+	14597681	14597689	AT4G29830.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGTGTCGT + 14597429 14597436 AT4G29830.1

AtREG599 GGTGTCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG GACGTGGCGG + 14597451 14597460 AT4G29830.1

AtREG388 GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG371 ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG560   CGTGGCGG ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC

REG TTAATGGGCCTGT + 14597520 14597532 AT4G29830.1

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG433      GGGCCTGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTAATGGGCCTTTA + 14597540 14597553 AT4G29830.1

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467       GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAACGACGC + 14597608 14597617 AT4G29830.1

AtREG520 AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439   AACGACGC PPDB Motif PLACE Motif