PlantPromoterDB promoter information of AT4G30480.1

Summary of Gene (AT4G30480.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G30480 TAIR NCBI
Gene model	AT4G30480.1
Description	tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein; FUNCTIONS IN: binding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide region (InterPro:IPR013026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TTL4 (Tetratricopetide-repeat Thioredoxin-Like 4); binding (TAIR:AT3G58620.1); Has 10494 Blast hits to 7864 proteins in 509 species: Archae - 360; Bacteria - 1926; Metazoa - 3500; Fungi - 950; Plants - 1004; Viruses - 24; Other Eukaryotes - 2730 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14896500-14897699)

`Genome position from initiation codon` `AT4G30470.1 AT4G30480.2 AT4G30480.3 TSS from cDNA TSS information AT4G30480.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G30480.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 14897346 -154

TSS clone peak T clone + 14897413 -87

TSS clone G clone + 14897414 -86

TSS clone A clone + 14897415 -85

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	14897346	-154
TSS clone peak	`T`	clone	+	14897413	-87
TSS clone	`G`	clone	+	14897414	-86
TSS clone	`A`	clone	+	14897415	-85

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTCTCT + 14897370 14897382 -130 -118

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTCTCT`	+	14897370	14897382	-130	-118
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTAATGGGCCAAT + 14897268 14897281 -232 -219

AtREG604 CTTAATGG       PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361    AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490     ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484      TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446       GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ACGTCGTT + 14897302 14897309 -198 -191

AtREG493 ACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACGTCGTCGTTTA + 14897340 14897352 -160 -148

AtREG526 ACGTCGTC      PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG648    TCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415     CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565      GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTAATGGGCCAAT`		+	14897268	14897281	-232	-219
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ACGTCGTT`		+	14897302	14897309	-198	-191
	AtREG493	`ACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ACGTCGTCGTTTA`		+	14897340	14897352	-160	-148
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG648	`TCGTCGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None