PlantPromoterDB promoter information of AT4G30760.2

Summary of Gene (AT4G30760.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G30760 TAIR NCBI
Gene model	AT4G30760.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF537 (InterPro:IPR007491); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G62050.1); Has 78 Blast hits to 76 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 4; Plants - 74; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 14981552-14982751)

`Genome position from initiation codon` `AT4G30760.1 TSS from cDNA TSS information AT4G30760.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G30750.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G30760.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 14982527 -25

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	14982527	-25

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 14982523 -29

TSS clone C clone + 14982540 -12

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	14982523	-29
TSS clone	`C`	clone	+	14982540	-12

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCTATAT + 14982487 14982494 -65 -58

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCTATAT`	+	14982487	14982494	-65	-58
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCATGGGCCAA + 14982417 14982427 -135 -125

AtREG507 CCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTTTGGGCCCAAG + 14982443 14982455 -109 -97

AtREG529 TTTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   TTGGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG505      GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AGCCCATTAAG + 14982475 14982485 -77 -67

AtREG372 AGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357 GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396   CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604    CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCATGGGCCAA`		+	14982417	14982427	-135	-125
	AtREG507	`CCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTTTGGGCCCAAG`		+	14982443	14982455	-109	-97
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG505	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AGCCCATTAAG`		+	14982475	14982485	-77	-67
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 14982354 AT4G30750.1

TSS clone peak A clone - 14982320 AT4G30750.1

TSS clone G clone - 14982316 AT4G30750.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	14982354	AT4G30750.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	14982320	AT4G30750.1
TSS clone	`G`	clone	-	14982316	AT4G30750.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CGCTATAA - 14982349 14982356 AT4G30750.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CGCTATAA`	-	14982349	14982356	AT4G30750.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTGGCCCATGG - 14982417 14982427 AT4G30750.1

AtREG484 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG507    GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG CTTGGGCCCAAAA - 14982443 14982455 AT4G30750.1

AtREG505 CTTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422   TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392 TTGGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529      GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTAATGGGCT - 14982475 14982485 AT4G30750.1

AtREG604 CTTAATGG    PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372    AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY