PlantPromoterDB promoter information of AT4G31010.1

Summary of Gene (AT4G31010.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G31010 TAIR NCBI
Gene model	AT4G31010.1
Description	RNA binding; FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA-binding, CRM domain (InterPro:IPR001890); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA binding (TAIR:AT5G54890.1); Has 165 Blast hits to 146 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 165; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15105708-15106907)

`Genome position from initiation codon` `AT4G31000.1 AT4G31010.2 TSS from cDNA TSS information AT4G31010.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G31010.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 15106644 -64

TSS clone peak G clone + 15106689 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	15106644	-64
TSS clone peak	`G`	clone	+	15106689	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCCTC + 15106636 15106643 -72 -65

Y Patch CCTCTTTC + 15106646 15106653 -62 -55

Y Patch TTTCTTCTTC + 15106657 15106666 -51 -42

Y Patch TCTCTCTCC + 15106669 15106677 -39 -31

Y Patch CGTCTCTCCC + 15106720 15106729 12 21

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCCTC`	+	15106636	15106643	-72	-65
Y Patch	`CCTCTTTC`	+	15106646	15106653	-62	-55
Y Patch	`TTTCTTCTTC`	+	15106657	15106666	-51	-42
Y Patch	`TCTCTCTCC`	+	15106669	15106677	-39	-31
Y Patch	`CGTCTCTCCC`	+	15106720	15106729	12	21
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGTGGC + 15106482 15106489 -226 -219

AtREG388 GACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG GTGACACG + 15106522 15106529 -186 -179

AtREG498 GTGACACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAAGGCC + 15106547 15106555 -161 -153

AtREG639 TTAAAGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAATGGGCCCTA + 15106563 15106575 -145 -133

AtREG558 CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    ATGGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400     TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG387      GGGCCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GTTAGGCCCATG + 15106580 15106591 -128 -117

AtREG535 GTTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504     GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGTGGC`		+	15106482	15106489	-226	-219
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`GTGACACG`		+	15106522	15106529	-186	-179
	AtREG498	`GTGACACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTAAAGGCC`		+	15106547	15106555	-161	-153
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAATGGGCCCTA`		+	15106563	15106575	-145	-133
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG400	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG387	`GGGCCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GTTAGGCCCATG`		+	15106580	15106591	-128	-117
	AtREG535	`GTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None