PlantPromoterDB promoter information of AT4G31430.1

Summary of Gene (AT4G31430.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G31430 TAIR NCBI
Gene model	AT4G31430.1
Description	unknown protein; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 1991 Blast hits to 609 proteins in 150 species: Archae - 0; Bacteria - 281; Metazoa - 325; Fungi - 191; Plants - 52; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 1128 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15247510-15248709)

`Genome position from initiation codon` `AT4G31430.2 AT4G31430.3 TSS from cDNA TSS information AT4G31430.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G31420.1 AT4G31420.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G31430.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 15248456 -54

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	15248456	-54

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 15248456 -54

TSS clone A clone + 15248457 -53

TSS clone C clone + 15248460 -50

TSS clone C clone + 15248502 -8

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	15248456	-54
TSS clone	`A`	clone	+	15248457	-53
TSS clone	`C`	clone	+	15248460	-50
TSS clone	`C`	clone	+	15248502	-8

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCCTCCTCCTCT + 15248486 15248499 -24 -11

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCCTCCTCCTCT`	+	15248486	15248499	-24	-11
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAACCG + 15248356 15248363 -154 -147

AtREG645 TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG CCCAATTA + 15248397 15248404 -113 -106

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAACCG`		+	15248356	15248363	-154	-147
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`CCCAATTA`		+	15248397	15248404	-113	-106
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 15247948 AT4G31420.1, AT4G31420.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	15247948	AT4G31420.1, AT4G31420.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 15247927 AT4G31420.1, AT4G31420.2

TSS clone G clone - 15247924 AT4G31420.1, AT4G31420.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	15247927	AT4G31420.1, AT4G31420.2
TSS clone	`G`	clone	-	15247924	AT4G31420.1, AT4G31420.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCGGGTCA - 15248011 15248018 AT4G31420.1, AT4G31420.2

AtREG617 TCGGGTCA PPDB Motif PLACE Motif

REG GAATGGGCCAAATGGGCTA - 15248027 15248045 AT4G31420.1, AT4G31420.2

AtREG643 GAATGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386          AAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372           AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581            ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY