PlantPromoterDB promoter information of AT4G31610

Summary of Gene (AT4G31610)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G31610 TAIR NCBI
Gene model	AT4G31610
Description	Expressed specifically in reproductive meristems, member of a moderately sized gene family distantly related to known plant DNA binding proteins

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15316700-15317899)

`Genome position from initiation codon` `AT4G31610.1 TSS from cDNA TSS information AT4G31610 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G31600.1 AT4G31600.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G31610

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 15317696 -4

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	15317696	-4

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 15317499 -201

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	15317499	-201

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTCT + 15317717 15317725 17 25

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTCT`	+	15317717	15317725	17	25
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTCGGTTT + 15317557 15317564 -143 -136

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTCGGTTT`		+	15317557	15317564	-143	-136
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 15317135 AT4G31600.1, AT4G31600.2

TSS clone peak C clone - 15317096 AT4G31600.1, AT4G31600.2

TSS clone A clone - 15317086 AT4G31600.1, AT4G31600.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	15317135	AT4G31600.1, AT4G31600.2
TSS clone peak	`C`	clone	-	15317096	AT4G31600.1, AT4G31600.2
TSS clone	`A`	clone	-	15317086	AT4G31600.1, AT4G31600.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTTGGGCCTTTTGGGCCTTAC - 15317220 15317240 AT4G31600.1, AT4G31600.2

AtREG373 TTTGGGCC TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359    GGGCCTTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459     GGCCTTTT          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG529         TTTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG351             GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG530              GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif