PlantPromoterDB promoter information of AT4G32130.1

Summary of Gene (AT4G32130.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G32130 TAIR NCBI
Gene model	AT4G32130.1
Description	carbohydrate binding; FUNCTIONS IN: carbohydrate binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: male gametophyte, callus, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carbohydrate-binding-like fold (InterPro:IPR013784); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: carbohydrate binding (TAIR:AT2G25310.1); Has 213 Blast hits to 213 proteins in 94 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 121; Fungi - 44; Plants - 26; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 20 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15523477-15522278)

`Genome position from initiation codon` `AT4G32140.1 TSS from cDNA TSS information AT4G32130.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G32130.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 15522614 -137

TSS peak G 2 - 15522512 -35

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	15522614	-137
TSS peak	`G`	2	-	15522512	-35

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 15522593 -116

TSS clone A clone - 15522583 -106

TSS clone A clone - 15522534 -57

TSS clone A clone - 15522528 -51

TSS clone T clone - 15522508 -31

TSS clone G clone - 15522487 -10

TSS clone A clone - 15522486 -9

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	15522593	-116
TSS clone	`A`	clone	-	15522583	-106
TSS clone	`A`	clone	-	15522534	-57
TSS clone	`A`	clone	-	15522528	-51
TSS clone	`T`	clone	-	15522508	-31
TSS clone	`G`	clone	-	15522487	-10
TSS clone	`A`	clone	-	15522486	-9

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCCTCT - 15522542 15522551 -65 -74

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCCTCT`	-	15522542	15522551	-65	-74
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAATTACG - 15522618 15522625 -141 -148

AtREG646 TAATTACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAAAGCC - 15522635 15522642 -158 -165

AtREG549 TAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACCGAAC - 15522763 15522771 -286 -294

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAATTACG`		-	15522618	15522625	-141	-148
	AtREG646	`TAATTACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAAAGCC`		-	15522635	15522642	-158	-165
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAACCGAAC`		-	15522763	15522771	-286	-294
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None