PlantPromoterDB promoter information of AT4G32285.1

Summary of Gene (AT4G32285.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G32285 TAIR NCBI
Gene model	AT4G32285.1
Description	epsin N-terminal homology (ENTH) domain-containing protein / clathrin assembly protein-related; FUNCTIONS IN: phospholipid binding, clathrin binding, binding, phosphatidylinositol binding; INVOLVED IN: clathrin coat assembly; LOCATED IN: cytosol, nucleus, plasma membrane; EXPRESSED IN: guard cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Epsin-like, N-terminal (InterPro:IPR013809), ANTH (InterPro:IPR011417), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942), Clathrin adaptor, phosphoinositide-binding, GAT-like (InterPro:IPR014712); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: epsin N-terminal homology (ENTH) domain-containing protein (TAIR:AT2G25430.1); Has 1251 Blast hits to 1096 proteins in 211 species: Archae - 8; Bacteria - 172; Metazoa - 457; Fungi - 134; Plants - 334; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 124 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15585003-15586202)

`Genome position from initiation codon` `AT4G32285.2 TSS from cDNA TSS information AT4G32285.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G32285.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 15585711 -292

TSS peak A 4 + 15585867 -136

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	15585711	-292
TSS peak	`A`	4	+	15585867	-136

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 15585681 -322

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	15585681	-322

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCTT + 15585716 15585724 -287 -279

Y Patch TCTTCTTC + 15585740 15585747 -263 -256

Y Patch CCTTCTTC + 15585749 15585756 -254 -247

Y Patch TTCTCTCTCCC + 15585841 15585851 -162 -152

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCTT`	+	15585716	15585724	-287	-279
Y Patch	`TCTTCTTC`	+	15585740	15585747	-263	-256
Y Patch	`CCTTCTTC`	+	15585749	15585756	-254	-247
Y Patch	`TTCTCTCTCCC`	+	15585841	15585851	-162	-152
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCACGTCAGC + 15585617 15585626 -386 -377

AtREG419 CCACGTCA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG440 CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG515 ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TGGTTCGG + 15585688 15585695 -315 -308

AtREG655 TGGTTCGG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCACGTCAGC`		+	15585617	15585626	-386	-377
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG440	`CACGTCAG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG515	`ACGTCAGC`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TGGTTCGG`		+	15585688	15585695	-315	-308
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None