PlantPromoterDB promoter information of AT4G32440.2

Summary of Gene (AT4G32440.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G32440 TAIR NCBI
Gene model	AT4G32440.2
Description	agenet domain-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ENT (InterPro:IPR005491), Tudor-like, plant (InterPro:IPR014002), Agenet (InterPro:IPR008395); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: agenet domain-containing protein (TAIR:AT2G25590.1); Has 104 Blast hits to 95 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 104; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15656295-15657494)

`Genome position from initiation codon` `AT4G32440.1 TSS from cDNA TSS information AT4G32440.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G32440.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 15656676 -619

TSS peak A 4 + 15656686 -609

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	15656676	-619
TSS peak	`A`	4	+	15656686	-609

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 15656685 -610

TSS clone A clone + 15656686 -609

TSS clone T clone + 15656687 -608

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	15656685	-610
TSS clone	`A`	clone	+	15656686	-609
TSS clone	`T`	clone	+	15656687	-608

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATAAATT + 15656648 15656659 -647 -636

Y Patch TCTCTTTC + 15656721 15656728 -574 -567

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATAAATT`	+	15656648	15656659	-647	-636
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	15656721	15656728	-574	-567
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAAGGC + 15656390 15656397 -905 -898

AtREG639 TTAAAGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GCGCGTGT + 15656491 15656498 -804 -797

AtREG385 GCGCGTGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

REG CCACGTCAC + 15656608 15656616 -687 -679

AtREG419 CCACGTCA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG466 CACGTCAC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAAGGC`		+	15656390	15656397	-905	-898
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GCGCGTGT`		+	15656491	15656498	-804	-797
	AtREG385	`GCGCGTGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
REG	`CCACGTCAC`		+	15656608	15656616	-687	-679
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG466	`CACGTCAC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None