PlantPromoterDB promoter information of AT4G32460

Summary of Gene (AT4G32460)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G32460 TAIR NCBI
Gene model	AT4G32460
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF642 (InterPro:IPR006946), Galactose-binding like (InterPro:IPR008979); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G11420.1); Has 182 Blast hits to 158 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 180; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15665859-15664660)

`Genome position from initiation codon` `AT4G32460.1 AT4G32460.2 TSS from cDNA TSS information AT4G32460 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G32460

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 15664966 -107

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	15664966	-107

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 15665013 -154

TSS clone C clone - 15664971 -112

TSS clone C clone - 15664965 -106

TSS clone T clone - 15664939 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	15665013	-154
TSS clone	`C`	clone	-	15664971	-112
TSS clone	`C`	clone	-	15664965	-106
TSS clone	`T`	clone	-	15664939	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATAAGA - 15664999 15665006 -140 -147

Y Patch CTCTTCTCC - 15664934 15664942 -75 -83

Y Patch TTCCTTCTCTC - 15664948 15664958 -89 -99

Y Patch CTCTCTCTCCTCCTC - 15664983 15664997 -124 -138

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATAAGA`	-	15664999	15665006	-140	-147
Y Patch	`CTCTTCTCC`	-	15664934	15664942	-75	-83
Y Patch	`TTCCTTCTCTC`	-	15664948	15664958	-89	-99
Y Patch	`CTCTCTCTCCTCCTC`	-	15664983	15664997	-124	-138
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCTTT - 15665022 15665029 -163 -170

AtREG359 GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAAACCGGAC - 15665087 15665096 -228 -237

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573 AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCTTT`		-	15665022	15665029	-163	-170
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAAACCGGAC`		-	15665087	15665096	-228	-237
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None