PlantPromoterDB promoter information of AT4G32915.1

Summary of Gene (AT4G32915.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G32915 TAIR NCBI
Gene model	AT4G32915.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: regulation of translational fidelity; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glu-tRNAGln amidotransferase, C subunit (InterPro:IPR003837); Has 1227 Blast hits to 1227 proteins in 425 species: Archae - 17; Bacteria - 884; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 309 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15884549-15885748)

`Genome position from initiation codon` `AT4G32910.1 TSS from cDNA TSS information AT4G32915.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G32915.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 15885524 -25

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	15885524	-25

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 15885521 -28

TSS clone G clone + 15885527 -22

TSS clone A clone + 15885534 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	15885521	-28
TSS clone	`G`	clone	+	15885527	-22
TSS clone	`A`	clone	+	15885534	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACCGGTTAAAACCGGTTTAG + 15885422 15885442 -127 -107

AtREG552 GACCGGTT              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503 ACCGGTTA             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501   CCGGTTAA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG645    CGGTTAAA           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG542         AAAACCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436          AAACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412             CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511              CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACGACAC + 15885456 15885465 -93 -84

AtREG520 AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527   AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGTCGTTTT + 15885471 15885480 -78 -69

AtREG527 GTGTCGTT   DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520   GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACCGGTTAAAACCGGTTTAG`		+	15885422	15885442	-127	-107
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAACGACAC`		+	15885456	15885465	-93	-84
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGTCGTTTT`		+	15885471	15885480	-78	-69
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None