PlantPromoterDB promoter information of AT4G33060.1

Summary of Gene (AT4G33060.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G33060 TAIR NCBI
Gene model	AT4G33060.1
Description	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase cyclophilin-type family protein; FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CYP71 (CYCLOPHILIN71); chromatin binding / histone binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (TAIR:AT3G44600.1); Has 18511 Blast hits to 16644 proteins in 1616 species: Archae - 90; Bacteria - 4190; Metazoa - 5100; Fungi - 1622; Plants - 926; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 6549 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 15947535-15948734)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G33060.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G33060.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 15948517 -18

TSS clone peak G clone + 15948520 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	15948517	-18
TSS clone peak	`G`	clone	+	15948520	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTCCACGTAG + 15948288 15948297 -247 -238

AtREG627 TTCCACGT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG495   CCACGTAG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTAATGGGCTGGGCTTAG + 15948410 15948427 -125 -108

AtREG396 TTAATGGG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG454       GGCTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426          TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG634           GGGCTTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCTC + 15948435 15948445 -100 -90

AtREG418 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447    TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTCCACGTAG`		+	15948288	15948297	-247	-238
	AtREG627	`TTCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG495	`CCACGTAG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTAATGGGCTGGGCTTAG`		+	15948410	15948427	-125	-108
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG454	`GGCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG634	`GGGCTTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCTC`		+	15948435	15948445	-100	-90
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None