PlantPromoterDB promoter information of AT4G34160

Summary of Gene (AT4G34160)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G34160 TAIR NCBI
Gene model	AT4G34160
Description	encodes a cyclin D-type protein involved in the switch from cell proliferation to the final stages of differentiation. The gene is transcriptionally regulated by cytokinin and brassinosteroid. Protein interacts with cyclin-dependent kinase inhibitor ICK1.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16356903-16358102)

`Genome position from initiation codon` `AT4G34150.1 AT4G34160.1 TSS from cDNA TSS information AT4G34160 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G34160

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 16356983 -920

TSS peak G 8 + 16357649 -254

TSS peak A 2 + 16357755 -148

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	16356983	-920
TSS peak	`G`	8	+	16357649	-254
TSS peak	`A`	2	+	16357755	-148

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTCC + 16356941 16356948 -962 -955

Y Patch CATCTCTC + 16357600 16357607 -303 -296

Y Patch CCTTCTCTCAT + 16357610 16357620 -293 -283

Y Patch TCTCTCTTCTT + 16357628 16357638 -275 -265

Y Patch TTCCTCTCTCTTTCTCTCTCT + 16357668 16357688 -235 -215

Y Patch TCTCTCTCC + 16357757 16357765 -146 -138

Y Patch TTTCTCTCT + 16357773 16357781 -130 -122

Y Patch TCTTCTTCC + 16357791 16357799 -112 -104

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTCC`	+	16356941	16356948	-962	-955
Y Patch	`CATCTCTC`	+	16357600	16357607	-303	-296
Y Patch	`CCTTCTCTCAT`	+	16357610	16357620	-293	-283
Y Patch	`TCTCTCTTCTT`	+	16357628	16357638	-275	-265
Y Patch	`TTCCTCTCTCTTTCTCTCTCT`	+	16357668	16357688	-235	-215
Y Patch	`TCTCTCTCC`	+	16357757	16357765	-146	-138
Y Patch	`TTTCTCTCT`	+	16357773	16357781	-130	-122
Y Patch	`TCTTCTTCC`	+	16357791	16357799	-112	-104
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATAGCCCAAAA + 16357392 16357403 -511 -500

AtREG584 AATAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469    AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATAGCCCAAAA`		+	16357392	16357403	-511	-500
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None