PlantPromoterDB promoter information of AT4G34180.1

Summary of Gene (AT4G34180.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G34180 TAIR NCBI
Gene model	AT4G34180.1
Description	cyclase family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative cyclase (InterPro:IPR007325); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclase family protein (TAIR:AT1G44542.1); Has 819 Blast hits to 819 proteins in 310 species: Archae - 59; Bacteria - 600; Metazoa - 35; Fungi - 0; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 76 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16372383-16371184)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G34180.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G34180.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 - 16371430 -47

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	-	16371430	-47

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 16371430 -47

TSS clone A clone - 16371429 -46

TSS clone C clone - 16371425 -42

TSS clone G clone - 16371422 -39

TSS clone T clone - 16371419 -36

TSS clone A clone - 16371393 -10

TSS clone C clone - 16371390 -7

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	16371430	-47
TSS clone	`A`	clone	-	16371429	-46
TSS clone	`C`	clone	-	16371425	-42
TSS clone	`G`	clone	-	16371422	-39
TSS clone	`T`	clone	-	16371419	-36
TSS clone	`A`	clone	-	16371393	-10
TSS clone	`C`	clone	-	16371390	-7

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATTATATAAACC - 16371453 16371464 -70 -81

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATTATATAAACC`	-	16371453	16371464	-70	-81
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAAAAGTCAA - 16371480 16371494 -97 -111

AtREG632 AAAGTCAAAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CGTGACGT - 16371616 16371623 -233 -240

AtREG489 CGTGACGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACGTGACA - 16371653 16371660 -270 -277

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTAAACCGA - 16371696 16371704 -313 -321

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACGTGACA - 16371719 16371726 -336 -343

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAAAAGTCAA`		-	16371480	16371494	-97	-111
	AtREG632	`AAAGTCAAAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`CGTGACGT`		-	16371616	16371623	-233	-240
	AtREG489	`CGTGACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ACGTGACA`		-	16371653	16371660	-270	-277
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTAAACCGA`		-	16371696	16371704	-313	-321
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACGTGACA`		-	16371719	16371726	-336	-343
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None