version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G34290

Summary of Gene (AT4G34290)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G34290  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G34290  
Description SWIB complex BAF60b domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SWIB/MDM2 (InterPro:IPR003121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SWIB complex BAF60b domain-containing protein (TAIR:AT2G14880.1); Has 806 Blast hits to 766 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 129; Metazoa - 128; Fungi - 124; Plants - 206; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 210 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16401133-16402332)

Genome position     
from initiation codon
AT4G34260.1         
AT4G34265.1         
AT4G34265.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G34290                        5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G34290

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA23+16410835-48

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxACTATATAAGC+1641080016410810-83-73
Y PatchCGTCTTCT+1641084616410853-37-30
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAACGACGA+1641078616410793-97-90
 AtREG648AACGACGA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakC4+16401397AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS peakG23+16402280AT4G34265.1, AT4G34265.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+16402269AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneTclone+16402274AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneGclone+16402280AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneGclone+16402281AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneCclone+16402285AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneAclone+16402293AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneGclone+16402308AT4G34265.1, AT4G34265.2
TSS cloneCclone+16402309AT4G34265.1, AT4G34265.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCTC+1640223116402239AT4G34265.1, AT4G34265.2
Y PatchTCTCTTCTT+1640227016402278AT4G34265.1, AT4G34265.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAACCGAACCA+1640219716402209AT4G34265.1, AT4G34265.2
 AtREG598ATAAACCG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAAC   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    ACCGAACC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG655     CCGAACCA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCAAACCG+1640221216402219AT4G34265.1, AT4G34265.2
 AtREG550CCAAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.