PlantPromoterDB promoter information of AT4G34290

Summary of Gene (AT4G34290)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G34290 TAIR NCBI
Gene model	AT4G34290
Description	SWIB complex BAF60b domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SWIB/MDM2 (InterPro:IPR003121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SWIB complex BAF60b domain-containing protein (TAIR:AT2G14880.1); Has 806 Blast hits to 766 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 129; Metazoa - 128; Fungi - 124; Plants - 206; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 210 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16405983-16407182)

`Genome position from initiation codon` `AT4G34280.1 TSS from cDNA TSS information AT4G34290 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G34270.1 AT4G34272.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G34290

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 23 + 16410835 -48

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	23	+	16410835	-48

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATATAAGC + 16410800 16410810 -83 -73

Y Patch CGTCTTCT + 16410846 16410853 -37 -30

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATATAAGC`	+	16410800	16410810	-83	-73
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	16410846	16410853	-37	-30
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACGACGA + 16410786 16410793 -97 -90

AtREG648 AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACGACGA`		+	16410786	16410793	-97	-90
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 16407082 AT4G34280.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	16407082	AT4G34280.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 16406206 AT4G34270.1

TSS clone A clone + 16407017 AT4G34280.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	16406206	AT4G34270.1
TSS clone	`A`	clone	+	16407017	AT4G34280.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCGGCCCA - 16406250 16406257 AT4G34270.1

AtREG457 CCGGCCCA CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTAAAGCCCATTAAG - 16406306 16406320 AT4G34270.1

AtREG545 TTAAAGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372     AGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604        CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG AAAAGGCC - 16406333 16406340 AT4G34270.1

AtREG459 AAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTGGGCT - 16406499 16406506 AT4G34270.1

AtREG510 AGTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GCCGTTTT + 16406866 16406873 AT4G34280.1

AtREG531 GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif