PlantPromoterDB promoter information of AT4G34710

Summary of Gene (AT4G34710)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G34710 TAIR NCBI
Gene model	AT4G34710
Description	encodes a arginine decarboxylase (ADC), a rate-limiting enzyme that catalyzes the first step of polyamine (PA) biosynthesis via ADC pathway in Arabidopsis thaliana. Arabidopsis genome has two ADC paralogs, ADC1 and ADC2. ADC2 is stress-inducible (osmotic stress). Double mutant analysis showed that ADC genes are essential for the production of PA, and are required for normal seed development. Overexpression causes phenotypes similar to GA-deficient plants and these plants show reduced levels of GA due to lower expression levels of AtGA20ox1, AtGA3ox3 and AtGA3ox1.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16563450-16562251)

`Genome position from initiation codon` `AT4G34710.1 AT4G34710.2 TSS from cDNA TSS information AT4G34710 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G34710

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 30 - 16562969 -519

TSS peak G 5 - 16562635 -185

TSS peak T 8 - 16562461 -11

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	30	-	16562969	-519
TSS peak	`G`	5	-	16562635	-185
TSS peak	`T`	8	-	16562461	-11

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 16562969 -519

TSS clone C clone - 16562968 -518

TSS clone T clone - 16562499 -49

TSS clone T clone - 16562472 -22

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	16562969	-519
TSS clone	`C`	clone	-	16562968	-518
TSS clone	`T`	clone	-	16562499	-49
TSS clone	`T`	clone	-	16562472	-22

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCCTATATAAGC - 16562996 16563008 -546 -558

Y Patch TCTTCTCCT - 16562642 16562650 -192 -200

Y Patch CCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTC - 16562945 16562966 -495 -516

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCCTATATAAGC`	-	16562996	16563008	-546	-558
Y Patch	`TCTTCTCCT`	-	16562642	16562650	-192	-200
Y Patch	`CCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTC`	-	16562945	16562966	-495	-516
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATGGCCCAAAT - 16563058 16563068 -608 -618

AtREG437 ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421    GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAATGGGCCC - 16563070 16563080 -620 -630

AtREG443 TAAATGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    ATGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATGGCCCAAAT`		-	16563058	16563068	-608	-618
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCCC`		-	16563070	16563080	-620	-630
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None