version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G34750.1

Summary of Gene (AT4G34750.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G34750  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G34750.1  
Description auxin-responsive protein, putative / small auxin up RNA (SAUR_E); FUNCTIONS IN: calmodulin binding; INVOLVED IN: response to auxin stimulus; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin responsive SAUR protein (InterPro:IPR003676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin-responsive family protein (TAIR:AT1G19840.1); Has 679 Blast hits to 668 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 678; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16576566-16577765)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G34750.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT4G34740.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G34750.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4+16577393-173

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-16576671AT4G34740.1
TSS clone peakAclone-16576599AT4G34740.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGACGACGT-1657670916576716AT4G34740.1
 AtREG526GACGACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTTAAAGCC-1657678316576790AT4G34740.1
 AtREG545TTAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGGACCCAC-1657684216576850AT4G34740.1
 AtREG615GGGACCCA ABA PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 AtREG523 GGACCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCCGACCCG-1657688716576894AT4G34740.1
 AtREG375CCGACCCG PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.