version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G35770.1

Summary of Gene (AT4G35770.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G35770  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G35770.1  
Description Senescence-associated gene that is strongly induced by phosphate starvation. Transcripts are differentially regulated at the level of mRNA stability at different times of day. mRNAs are targets of the mRNA degradation pathway mediated by the downstream (DST) instability determinant.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 16944073-16945272)

Genome position     
from initiation codon
AT4G35770.2         
AT4G35770.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G35770.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT4G35760.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G35770.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA20+16945026-47

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+16945021-52
TSS cloneAclone+16945022-51
TSS cloneTclone+16945023-50
TSS cloneAclone+16945027-46
TSS cloneAclone+16945030-43
TSS cloneTclone+16945034-39
TSS cloneAclone+16945037-36

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxATTATATAAAC+1694498816944998-85-75
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCAATTGGGCCTTAC+1694476216944775-311-298
 AtREG647CAATTGGG       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG418 AATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353    TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351     GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG530      GGCCTTAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGTCCGA+1694478716944794-286-279
 AtREG594CCGTCCGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGCTGACGTGACA+1694495316944964-120-109
 AtREG515GCTGACGT    SA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG440 CTGACGTG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG606    ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8-16944623AT4G35760.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-16944677AT4G35760.1
TSS cloneGclone-16944660AT4G35760.1
TSS cloneAclone-16944658AT4G35760.1
TSS cloneGclone-16944647AT4G35760.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTTAGGCCCAATAT-1694470516944718AT4G35760.1
 AtREG430TTTAGGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360 TTAGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355     GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509      CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATTTGGGCCTC-1694472016944730AT4G35760.1
 AtREG421ATTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG447   TGGGCCTC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGTAAGGCCCAATTG-1694476216944775AT4G35760.1
 AtREG530GTAAGGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418     GCCCAATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG647      CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCGGACGG-1694478716944794AT4G35760.1
 AtREG594TCGGACGG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.