PlantPromoterDB promoter information of AT4G36040

Summary of Gene (AT4G36040)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G36040 TAIR NCBI
Gene model	AT4G36040
Description	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein (J11); FUNCTIONS IN: heat shock protein binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock protein, putative (TAIR:AT2G17880.1); Has 12724 Blast hits to 12724 proteins in 1824 species: Archae - 85; Bacteria - 4544; Metazoa - 2505; Fungi - 1062; Plants - 954; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 3569 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17051193-17049994)

`Genome position from initiation codon` `AT4G36040.1 TSS from cDNA TSS information AT4G36040 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G36040

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 218 - 17050271 -78

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	218	-	17050271	-78

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17050271 -78

TSS clone A clone - 17050270 -77

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17050271	-78
TSS clone	`A`	clone	-	17050270	-77

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CGCCTATAAATT - 17050298 17050309 -105 -116

Y Patch TTCCCTCTCCTCCTC - 17050252 17050266 -59 -73

Y Patch CTTTCTTCTTC - 17050272 17050282 -79 -89

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CGCCTATAAATT`	-	17050298	17050309	-105	-116
Y Patch	`TTCCCTCTCCTCCTC`	-	17050252	17050266	-59	-73
Y Patch	`CTTTCTTCTTC`	-	17050272	17050282	-79	-89
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCGACCCG - 17050396 17050405 -203 -212

AtREG405 ACCCGACC   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442 CCCGACCC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375   CCGACCCG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG CCGACCCGAC - 17050410 17050419 -217 -226

AtREG375 CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383 CGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGAC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCGACCCG`		-	17050396	17050405	-203	-212
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`CCGACCCGAC`		-	17050410	17050419	-217	-226
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None