version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G36390.1

Summary of Gene (AT4G36390.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G36390  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G36390.1  
Description radical SAM domain-containing protein / TRAM domain-containing protein; FUNCTIONS IN: iron-sulfur cluster binding, catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0004 (InterPro:IPR005839), tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB (InterPro:IPR006463), Elongator protein 3/MiaB/NifB (InterPro:IPR006638), Uncharacterised protein family UPF0004, N-terminal (InterPro:IPR013848), Radical SAM (InterPro:IPR007197), Deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM (InterPro:IPR002792); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: radical SAM domain-containing protein / TRAM domain-containing protein (TAIR:AT1G72090.1); Has 10307 Blast hits to 10292 proteins in 1299 species: Archae - 219; Bacteria - 4582; Metazoa - 258; Fungi - 0; Plants - 55; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5193 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17198054-17196855)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G36390.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence



 
AT4G36400.1         
AT4G36400.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G36390.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-17197094-40

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-17197131-77
TSS cloneCclone-17197095-41
TSS cloneTclone-17197093-39
TSS cloneGclone-17197091-37
TSS cloneTclone-17197090-36
TSS cloneTclone-17197089-35

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAACGCTGCGTTTTA-1719714117197155-87-101
 AtREG626AAACGCTG        PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG369  ACGCTGCG      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG564       GCGTTTTA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTTACCCCTGA-1719716817197177-114-123
 AtREG642TTACCCCT   PPDB MotifACCCCT  PLACE Motif 
 AtREG595  ACCCCTGACK PPDB MotifACCCCT  PLACE Motif 
REGACGTGACA-1719735317197360-299-306
 AtREG606ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGAAAGTCAA-1719738517197392-331-338
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+17197246AT4G36400.1, AT4G36400.2
TSS clone peakGclone+17197249AT4G36400.1, AT4G36400.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAAACGCAGCGTTT+1719714117197155AT4G36400.1, AT4G36400.2
 AtREG564TAAAACGC        PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG369     CGCAGCGT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG626       CAGCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTCAGGGGTAA+1719716817197177AT4G36400.1, AT4G36400.2
 AtREG595TCAGGGGT  CK PPDB MotifACCCCT  PLACE Motif 
 AtREG642  AGGGGTAA PPDB MotifACCCCT  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.