PlantPromoterDB promoter information of AT4G37120.1

Summary of Gene (AT4G37120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G37120 TAIR NCBI
Gene model	AT4G37120.1
Description	Encodes a zinc finger containing protein similar to step II splicing factors that is similar to SMP1. SMP2 is also reduced in SMP1 epigenetic alleles; plants make smaller organs having reduced cell numbers but increased cell size.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17485679-17486878)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G37120.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G37110.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G37120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 + 17486629 -50

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	+	17486629	-50

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 17486629 -50

TSS clone T clone + 17486630 -49

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	17486629	-50
TSS clone	`T`	clone	+	17486630	-49

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCTTTAGGCTTTAA + 17486487 17486503 -192 -176

AtREG359 GGGCCTTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467 GGCCTTTA         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG545          GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGGCCCATAA + 17486505 17486516 -174 -163

AtREG377 AACGGCCC     PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCTTTAGGCTTTAA`		+	17486487	17486503	-192	-176
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACGGCCCATAA`		+	17486505	17486516	-174	-163
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone - 17486276 AT4G37110.1

TSS clone peak A clone - 17486271 AT4G37110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	17486276	AT4G37110.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	17486271	AT4G37110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTCTT - 17486272 17486283 AT4G37110.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTCTT`	-	17486272	17486283	AT4G37110.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GACCGTTG - 17486328 17486335 AT4G37110.1

AtREG553 GACCGTTG Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TTAAAGCCTAAAGGCCC - 17486487 17486503 AT4G37110.1

AtREG545 TTAAAGCC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG467         TAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359          AAAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTATGGGCCGTT - 17486505 17486516 AT4G37110.1

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377     GGGCCGTT PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC