PlantPromoterDB promoter information of AT4G37390.1

Summary of Gene (AT4G37390.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G37390 TAIR NCBI
Gene model	AT4G37390.1
Description	Encodes an IAA-amido synthase that conjugates Asp and other amino acids to auxin in vitro. Lines carrying insertions in this gene are hypersensitive to auxin. May function as a negative component in auxin signaling by regulating auxin activity.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17578722-17579921)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT4G37390.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G37390.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 17579664 -58

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	17579664	-58

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 17579659 -63

TSS clone T clone + 17579662 -60

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	17579659	-63
TSS clone	`T`	clone	+	17579662	-60

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATAAATA + 17579622 17579633 -100 -89

Y Patch CTTCTCTTC + 17579638 17579646 -84 -76

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATAAATA`	+	17579622	17579633	-100	-89
Y Patch	`CTTCTCTTC`	+	17579638	17579646	-84	-76
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATGCCACGTA + 17579368 17579377 -354 -345

AtREG448 ATGCCACG   ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG AACGACGCC + 17579385 17579393 -337 -329

AtREG439 AACGACGC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537 ACGACGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCAATAAG + 17579401 17579408 -321 -314

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG TACGTGGCGG + 17579446 17579455 -276 -267

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG371 ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG560   CGTGGCGG ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif GCCAC

REG GTGGGTCCC + 17579462 17579470 -260 -252

AtREG523 GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 TGGGTCCC ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GTCCACGTGGAC + 17579588 17579599 -134 -123

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG513 GTCCACGTGGAC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GCTGACGTGGAA + 17579603 17579614 -119 -108

AtREG515 GCTGACGT     SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   TGACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG627     ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATGCCACGTA`		+	17579368	17579377	-354	-345
	AtREG448	`ATGCCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG413	`GCCACGTA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`AACGACGCC`		+	17579385	17579393	-337	-329
	AtREG439	`AACGACGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`ACGACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCAATAAG`		+	17579401	17579408	-321	-314
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TACGTGGCGG`		+	17579446	17579455	-276	-267
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG371	`ACGTGGCG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG560	`CGTGGCGG`	ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`GTGGGTCCC`		+	17579462	17579470	-260	-252
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`GTCCACGTGGAC`		+	17579588	17579599	-134	-123
	AtREG408	`TCCACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG513	`GTCCACGTGGAC`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GCTGACGTGGAA`		+	17579603	17579614	-119	-108
	AtREG515	`GCTGACGT`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG627	`ACGTGGAA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None