version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G37410

Summary of Gene (AT4G37410)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G37410  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G37410  
Description member of CYP81F  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 17592098-17593297)

Genome position     
from initiation codon
AT4G37410.1         
AT4G37420.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G37410                        5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT4G37409.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G37410

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA102+17590824-24

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+17590778-70
TSS cloneAclone+17590822-26
TSS cloneAclone+17590824-24
TSS cloneAclone+17590825-23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTACTATAAATA+1759078617590797-62-51
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAATTACG+1759067717590684-171-164
 AtREG646TAATTACGABA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA17+17592260AT4G37420.1
TSS peakG4+17592451AT4G37420.1
TSS peakA4+17592519AT4G37420.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-17592799AT4G37409.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGCTGACGT-1759293317592940AT4G37409.1
 AtREG515GCTGACGTSA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGCCCATTAA-1759295517592962AT4G37409.1
 AtREG396CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGGCCGGTTC+1759236017592367AT4G37420.1
 AtREG637GCCGGTTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTGCCACGTGACA+1759241517592427AT4G37420.1
 AtREG444GTGCCACG      PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG367  GCCACGTG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG583    CACGTGAC  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG606     ACGTGACAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.